Naktī uz 12.(24.) jūniju Napoleona armija iebruka Krievijas teritorijā. Jau nākamajā dienā cars Aleksandrs I parakstīja pavēli armijai, paziņojot par Napoleona uzbrukumu. Daudzskaitlīgās franču armijas pārspēka priekšā krievu 1. un 2. Rietumu armija bija spiesta atkāpties, lai vēlāk atkalapvienotos.
Dinaburgas garnizons ietilpa 1. armijas korpusa sastāvā, kuru komandēja ģenerālleitnants grāfs P.Vitgenšteins. Artilēristu vienības atradās no Dinaburgas cietokšņa atsauktā ģenerālmajora kņaza Jašvila pakļautībā.
Napoleona armija virzījās uz Maskavu. Lai aizsargātu savas armijas flangu no ziemeļrietumiem un uzbruktu krievu armijas labās puses spārnam, Napoleons nosūtīja 100. armijas korpusu maršala Makdonalda vadībā Rīgas virzienā, bet 2. korpusu maršala Udino vadībā - Vilkomiras (Ukmerģes) - Dinaburgas virzienā.
Franču armijas galvenajiem spēkiem tika dots uzdevums pārraut krievu armijas aizsardzības līniju un piespiest 1. un 2. Rietumu armiju padoties.
Negaidītais karadarbības sākums un krievu armijas atkāpšanās izvirzīja armijas vadībai steidzami risināmus uzdevumus: maksimāli saglabāt karaspēku, glābt pārtikas krājumus, munīciju, uzkabes, lopbarības rezerves, kuras lielā daudzumā bija sakoncentrētas pierobežā. Tika dota pavēle bez žēlastības iznīcināt visu, ko nevar atkāpjoties paņemt līdzi, lai krājumi nenonāktu ienaidnieka rokās. 1. Rietumu armijas atkāpšanās Drisas nocietinājumu virzienā atsedza brīvu pieeju nepabeigtajam Dinaburgas cietoksnim. Šajā laikā cietokšņa garnizons sastāvēja no 2 500 vīriem (lielākā karaspēka daļa bija pārdislocēta uz citiem objektiem), 80 lielgabaliem un mortīrām. Cietokšņa komandants uz to brīdi bija ģenerālmajors Ulanovs.

19. jūnijā 1. armijas komandieris ģenerālis Barklajs de Tolli norīkoja uz Dinaburgu artilērijas pulkvedi Tišinu ar uzdevumu pārvest no Dinaburgas uz Novgorodu lielus provianta, šaujampulvera un citus valsts īpašuma krājumus, atstājot Dinaburgas garnizona aizsardzībai tikai pašu nepieciešamāko. Ieradies Dinaburgā, pulkvedis Tišins nekavējoties organizēja 500 pajūgus īpašuma transportēšanai. Tajā pašā dienā Barklajs de Tolli nosūtīja pavēli cietokšņa komandantam Ulanovam būt maksimāli modram, lai ienaidnieks nepamanīts nevarētu uzbrukt cietokšņa priekštilta nocietinājumiem. 1. korpusa komandierim grāfam Vitgenšteinam viņš pavēlēja: "Kā arī nosūtiet spēcīgu partiju uz Dinaburgu un brīdiniet ģenerālmajoru Ulanovu, lai viņš būtu uzmanīgs un gatavs sagaidīt ienaidnieku." Šīs pavēles rezultātā uz Dinaburgas garnizonu nekavējoties tika nosūtīti 4 bataljoni. 23. jūnijā pilsētā ieradās apvienotais huzāru pulks, kurš sastāvēja no Izjumovas un Jeļizavetgradas pulku rezerves eskadroniem. Tā sastāvā bija 2 štāba virsnieki, 14 vecākie virsnieki, 12 muzikanti un 428 ierindnieki. Vienību komandēja bezbailīgais majors Bedrjaga. 29. jūnijā uz Dinaburgu papildus tika norīkoti vēl 4 bataljoni no rezerves korpusa, kavalērijas vienība un 50 kazaki.
Neskatoties uz to, ka cietokšņa nocietinājumu celtniecība vēl nebija pabeigta, 28. jūnijā kara padome pieņēma lēmumu bez cīņas cietoksni ienaidniekam neatdot, vēl jo vairāk tāpēc, ka no malas cietoksnis izskatījās iespaidīgāks nekā bija patiesībā. Celtniecības darbi tika pārtraukti, bastioni gatavojās cīņai. Pieļaujot varbūtību, ka franču karaspēks tomēr ieņems cietoksni, kara padome nolēma visu valsts īpašumu, kas varētu nonākt ienaidnieka rokās, izvest no Dinaburgas, bet ko nevarēs vai nepaspēs paslēpt, sadedzināt, bet dzelzs lietas - ierakt zemē.
1812. gada 30. jūnijā inženieru komandai tika dots rīkojums: naudu - 180 205 rubļu un 11 kapeiku apmērā, dokumentu arhīvu un daļu no dzelzs lietām - aizvest uz Rēzekni un tālāk uz Ludzu.
29. jūnijā pulksten 10 vakarā Dinaburgas cietokšņa komandants ģenerālmajors Ulanovs saņēma ziņojumu no Daugavas kreisā krasta priekšposteņa komandiera, ka franču karaspēks ieņēmis Ezeri - apdzīvotu vietu netālu no Dinaburgas. 30. jūnijā pulksten 12 franču armija atradās 2 - 3 verstu attālumā no pilsētas. Ienaidniekam pretī stājās trīs huzāru eskadroni ar majora Bedrjagas vadīto Izjumovas huzāru pulku priekšgalā. Tā bija pirmā Dinaburgas cietokšņa aizstāvju kauja ar franču karaspēku. Tika sagūstīti 12 ienaidnieka karavīri: 7 franči un 5 itāļi. Gūstekņi sniedza svarīgas ziņas par Kalkūnes apkārtnē izvietotās ģenerāļa Legrana divīzijas skaitlisko sastāvu, kā arī par to, ka pilsētai tuvojas daudzskaitlīgas karaspēka vienības. Jauniegūtās ziņas lika komandantam Ulanovam domāt par atkāpšanos, bet, zinot priekšniecības nostāju neatdot cietoksni bez cīņas, viņš rakstīja Aleksandram I, ka tikai caram un Dzimtenei dotais zvērests attur viņu no šī soļa.
1812. gada 1. jūlijā no Daugavas kreisā krasta bēgošie iedzīvotāji pastāstīja komandantam Ulanovam, ka lielas franču karaspēka vienības tuvojas Dinaburgai. 1. jūlijā pulksten četros dienā maršala Udino korpuss 3 kājnieku (32 000 vīru) un 1 kavalērijas divīzijas (2 400 vīru) sastāvā pietuvojās priekštilta nocietinājumiem un sāka uzbrukumu. Franču karaspēks centās ieņemt nocietinājumus. Cīņa ilga 4 stundas, bet cietokšņa aizstāvjiem izdevās atvairīt uzbrukumu. Neveiksme vēl vairāk uzkurināja franču vēlmi ieņemt cietoksni. Avangarda kavalērijas vienības komandieris ģenerālis Marbo saņēma atļauju no maršala Udino otrreizējam uzbrukumam. Šoreiz viņš saviem jātniekiem deva pavēli izklaidus ielauzties krievu armijas rindās, lai tādējādi piespiestu cietokšņa aizstāvjus pārtraukt artilērijas apšaudi. Šis enerģiskais kavalēristu uzbrukums vainagojās ar panākumiem, un krievu armijas vienības ģenerāļa Marbo spiediena rezultātā atkāpās uz priekštilta nocietinājumiem. Tie, kas atkāpās, nevarēja iekļūt priekštilta nocietinājumos, jo vārti bija aizslēgti, lai kopā ar krievu karavīriem nocietinājumā neielauztos franči. Krievu armijas vienība devās virzienā uz pontontiltu, lai pārceltos pāri Daugavai uz labo krastu, kur Dinaburgas garnizons gatavojās ienaidnieka atvairīšanai.
Ģenerālis Marbo pieņēma lēmumu nevajāt ienaidnieku, kas atkāpās pa nestabilo bezmargu pontontiltu. Šajā laikā piejāja maršals Udino un iesaucās: "Drošsirdīgie karavīri! Rīkojieties tā, kā jūs rīkojāties pie Vilkomiras (Ukmerģes). Uz priekšu, pāri tiltam, uzspridziniet vārtus un ieņemiet pilsētu!" Velti ģenerāļi centās pārliecināt maršalu, ka kavalēristi nespēs triecienā ieņemt cietoksni, pa divi jājot pa šūpojošos pontonu tiltu zem cietokšņa un priekštilta nocietinājuma artilērijas apšaudes. Bet Udino bija pārliecināts, ka bailes un apjukums, kas valda krievu armijas rindās, palīdzēs viņam ieņemt cietoksni.
Ģenerālis Marbo stājās pulka priekšgalā un pavēlēja kavalēristiem sekot viņam uz tilta, bet izkārtoties tādā veidā, lai starp rindām būtu starpposms zirga korpusa garumā. Franču kavalēristi nokļuva krievu artilērijas apšaudes krustugunīs, izbiedētie zirgi ar visiem jātniekiem lēca upē. Redzot uzbrukuma neveiksmi, maršals pavēlēja atkāpties. Pateicoties tam, ka starp jātnieku rindām bija atstarpe, kavalēristiem izdevās pagriezt zirgus atpakaļ, bet, pastiprinoties apšaudei, radās zaudējumi arī kavalēristu rindās.

Franči bija spiesti atkāpties, mēģinājums triecienuzbrukumā ieņemt cietokšņa nocietinājumus izgāzās. Zaudējumi Marbo pulkā sastādīja 30 vīrus un lielu skaitu ievainoto. Pēc kāda laika maršals Udino ar jaunpienākušajiem franču kājnieku pulkiem ceturto reizi mēģināja ieņemt priekštilta nocietinājumus, bet spēcīgā krievu artilērijas uguns piespieda franču kājniekus atkāpties. Vēl viens ienaidnieka uzbrukums bija veiksmīgi atvairīts.
1. jūlijā maršals Udino vēl vairākas reizes gāja uzbrukumā, bet visi viņa mēģinājumi ieņemt cietoksni cieta neveiksmi. Krievu karavīri ģenerālmajora Ulanova un inženierpulkveža Hekeļa vadībā varonīgi atvairīja ienaidnieka uzbrukumus. Cīņas ilga apmēram 12 stundas.
Ģenerālleitnants Vitgenšteins 1812. gada 2. jūlija ziņojumā caram pieļāva varbūtību, ka franči 1. jūlijā visas dienas garumā, nepārtraukti uzbrūkot Dinaburgai, gribēja nodemonstrēt savu pārspēku un piespiest krievu armijas virspavēlniecību sakoncentrēt Dinaburgas apkārtnē lielas karaspēka vienības.
2. jūlija nakts pagāja nemierīgi. Franči raidīja šāvienus uz krievu pozīcijām, rītausmā sākās artilērijas apšaude. Franču karaspēks neskaitāmas reizes devās uzbrukumā, bet neveiksmīgi: viņi nespēja ieņemt ne priekštilta nocietinājumus, ne pontonu tiltu, ne pilsētu.
Cietokšņa aizstāvji, īpaši artilēristi, cīņas laikā parādīja sevi kā drosmīgus, pašaizliedzīgus un apķērīgus cīnītājus. Šaušanas operācija no lielgabala tika veikta divreiz ātrāk, nekā to noteica artilērista nolikums. Lai nomainītu šaušanas pozīcijas, priekštilta nocietinājuma kareivji uz rokām pārvietoja lielgabalus ar lafetēm. Tas uzlaboja tiešo trāpījumu un radīja iespaidu, ka cietokšņa aizstāvjiem ir vairāk lielgabalu, nekā bija patiesībā.

Maršala Udino 2. un 3. jūlija triecienuzbrukumi Dinaburgai cieta neveiksmi. Viņš zaudēja lielu skaitu savu vīru, daudzi tika ievainoti. 4. jūlija naktī, saņēmis Napoleona pavēli atkāpties no Dinaburgas, un doties augšup pa Daugavas kreiso krastu, Udino pameta cietoksni.
Kad pienāca informācija, ka franču karaspēks aiziet, Dinaburgas garnizona eskadrons sekoja ienaidniekam un Kalkūnes apkārtnē saņēma gūstā 80 franču karavīrus.
Napoleons bija ārkārtīgi neapmierināts ar maršala Udino rīcību Dinaburgā, jo nebija devis pavēli uzbrukt cietoksnim. Udino centieni izrādījās veltīgi: viņš nespēja ieņemt ne cietoksni, ne pilsētu, un neveica savu galveno uzdevumu: sekot grāfa Vitgenšteina 2. korpusam un sakaut to. Šis franču armijas neveiksmīgais manevrs deva iespēju krievu armijas daļām, kuras atkāpās, atpūsties, pārkārtoties un nostiprināties jaunās pozīcijās.
Tādējādi pirmais franču armijas mēģinājums ieņemt Dinaburgu bija atvairīts, un viņu centieni doties Pēterburgas virzienā - nobloķēti.
Vēsts par varonīgo Dinaburgas aizstāvēšanu ātri izplatījās krievu armijas rindās un drīz vien nonāca līdz caram Aleksandram I. Tas bija viens no pirmajiem gadījumiem 1812. gada kara laikā, kad neuzvaramais franču karaspēks nespēja salauzt neliela garnizona pretestību. Barklajs de Tolli savā ziņojumā Aleksandram I Dinaburgas garnizonu nosauca par "bezbailīgo garnizonu." Garnizona nelokāmība un cīņas spars bija pārsteiguši Krievijas kara ministru. "Es nekad nebūtu domājis, " rakstīja Barklajs de Tolli kņazam Jašvilam, "ka Dinaburgas priekštilta nocietinājumi varētu ilgstoši aizsargāt pret ienaidnieka pārspēku." Daļa virsnieku tika apbalvoti, visam garnizonam tika izteikta cara Aleksandra I pateicība.
Tomēr krievu armijas virspavēlniecības plānos neietilpa ilgstoša Dinaburgas aizstāvēšana, jo tā labi zināja, ka cietokšņa nocietinājumu būvdarbi nebija pabeigti. Virspavēlniecību galvenokārt uztrauca cietoksnī esošie milzīgie provianta krājumi. Vienota viedokļa šajā jautājumā nebija. No vienas puses, kņazam Jašvilam tika pavēlēts nodedzināt Dinaburgas provianta noliktavas, bet no otras - grāfs Vitgenšteins lūdza kara ministram kaut uz laiku atcelt pavēli par armijas daļu evakuāciju no pilsētas.
Tikko franču karaspēks 1812. gada 3. jūlijā atkāpās no Dinaburgas, tika nolemts atteikties no nepabeigtā priekštilta nocietinājuma turpmākās aizstāvēšanas, visus lielgabalus un lādiņus izvietot uz plostiem, lai ienaidnieka atkārtota uzbrukuma gadījumā tos nogremdētu Daugavā.
Lielu ļaunumu cietoksnim nodarīja ne tikai ienaidnieks, bet arī Barklaja de Tolli atsūtītais pulkvedis Tišins. Kņazs Jašvils, ierodoties Dinaburgā pašā cīņas karstumā ar maršala Udino vienību, ieraudzīja labajā Daugavas krastā, cietokšņa galvenajā daļā, pilnīgu postažu. Izrādījās, ka artilērijas pulka komandieris pulkvedis Tišins, kuram bija jāizpilda 28. jūnija rīkojums, bija pārpratis uzdevumu, un kopā ar citu īpašumu izvedis no cietokšņa visus lielgabalus, daļu no tiem ierokot zemē. Iespējams, ka tas notika laikā, kad cietokšņa komandants bija aizņemts ar Udino korpusa uzbrukuma atvairīšanu. Pulkvedim Tišinam tika pavēlēts nekavējoties atstāt Dinaburgu un doties uz 1. armijas štābu Drisā. Visā Aleksandra I valdīšanas laikā pulkvedim Tišinam tā arī netika piešķirta ģenerāļa pakāpe. Kara ministrs rakstīja kņazam Jašvilam, ka sakarā ar pārpratumiem un nekārtībām Dinaburgas cietoksnī cars norīko viņu uz Dinaburgu, lai viņš ieviestu tur kārtību un ziņotu par komandanta Ulanova lēmumu aizstāvēt priekštilta nocietinājumu.
Uzzinot par triecienuzbrukumu Dinaburgai, krievu armijas vadība nosūtīja uz turieni papildspēkus: četrus kājnieku rezerves bataljonus un vairākus huzāru eskadronus. Šīs armijas vienības ieradās ar nokavēšanos: franču armija jau bija atstājusi pilsētu.
Cietokšņa garnizona vadība uzsāka atkāpšanās priekšdarbus. Ģenerālis Jašvils beidzot samierinājās ar nepieciešamību atstāt cietoksni un deva pavēli komandantam Ulanovam nojaukt nocietinājumus un karaspēka vienībām atkāpties. Priekštilta nocietinājuma celtnes tika nodedzinātas, cietoksnī esošie lielgabali nogremdēti upē, izņemot 20 ieročus, no kuriem sešus atstāja bataljonu rīcībā, bet pārējos nosūtīja uz Pleskavu. Pēc Jašvila domām Dinaburgas garnizonam bija atlicis tikai viens uzdevums: abu Daugavas krastu novērošana. 1812. gada 5. jūlijā viņš rakstīja Vitgenšteinam, ka ienaidnieka uzbrukuma gadījumā viņš ar garnizonu plāno atstāt Dinaburgu. Taču nesagaidījis franču karaspēku, jau 6. jūlijā atstāja neaizsargātu Daugavas kreiso krastu un pontontiltu.
Garnizons uzsāka noliktavu evakuāciju un to krājumu, kurus nebija iespējams aizvest, iznīcināšanu. Jašvils atstāja garnizonu, uzticot vadīt evakuācijas darbus Dinaburgas cietokšņa komandantam Ulanovam. Pēc dažām dienām šajā amatā tika iecelts ģenerālmajors Hamens. Garnizonam tika dots uzdevums sekot ienaidnieka pārvietošanās manevriem. No Daugavas kreisā krasta iedzīvotājiem tika ievāktas ziņas, ka franču karaspēka vienība izvietojusies 25 verstis no Dinaburgas - Ezerē. Izlūkvienība uzsāka Daugavas kreisā krasta patrulēšanu un laikā no 5. līdz 9. jūlijam saņēma gūstā 58 franču armijas dezertierus. Naktī no 9. uz 10. jūliju no Dinaburgas cietokšņa uz Ezeri devās 9. kavalērijas divīzijas apvienotā huzāru pulka vienība. Viņu uzdevums bija izpētīt ienaidnieka karaspēka dislokāciju un pēc iespējas iznīcināt to. Vienība sastāvēja no 2 vahtmistriem, 5 virsniekiem, 2 taurētājiem un 48 huzāriem. Vienību vadīja Jeļizavetgradas huzāru pulka virsnieks Savičs. Kopā ar viņiem uzdevumu veikt devās kazaku komandieris Rodionovs ar 14 kazakiem. Rītausmā vienība uzdūrās ienaidnieka garnizonam, sākās kauja. Franču vienības paliekas glābās bēgot, bet krievu vienībai piekusušo zirgu dēļ nebija iespējas sekot ienaidniekam. Krievi šajā kaujā zaudēja vienu virsnieku un vēl trīs tika ievainoti, bet frančiem 50 vīri tika nogalināti un 61 padevās gūstā. Krievi ieguva arī nozīmīgas trofejas: 37 zirgus ar visu iejūgu un ratiem. Pēc kāda gūstekņa liecības, franču vienība sastāvējusi no 6 virsniekiem un vairāk nekā 200 ulāniem, jēgeriem un kājniekiem. 11. jūlijā visi gūstekņi un dezertieri tika nosūtīti uz Pleskavu. Ar varonību kaujās izcēlās majors Bedrjaga. Īsā laika posmā viņa vadītā vienība sagūstīja 168 franču karavīrus un vairāk nekā 50 dezertierus. Ievērību guva arī kornets Vasičs un kazaku komandieris Rodionovs. Grāfs Vitgenšteins šīs cīņas raksturoja kā "teicamu varoņdarbu". Visi viņi tika apbalvoti. Tā bija pēdējā Dinaburgas garnizona kauja. Turpmāk notika tikai gatavošanās evakuācijai.
Iespējams, ka ģenerālis Vitgenšteins nepiekrita Jašvila viedoklim, ka nav iespējams labot Tišina pieļautās kļūdas, un tāpēc 1812. gada 8. jūlijā uzdeva ģenerālmajoram Hekelim doties uz Dinaburgu, uz vietas noteikt nocietinājumu reālo stāvokli, un apsvērt iespējas tos atjaunot. Turpmākie notikumi liecina, ka vēl pastāvēja iespēja atgūt šaujampulvera krājumus un lielgabalus.
Ierodoties Dinaburgā, Hekelis sastapa Hamena vadīto armijas vienību 3 700 vīru sastāvā, kuri beidza aizsargnocietinājumu nojaukšanu. Hekeļa atskaitē norādīts, ka postījumi ir neatgriezeniski: priekštilta nocietinājumā pilnībā nodedzinātas kordegardijas un artilērijas ceihhauzes ēkas, lafetes iznīcinātas, tā, ka uzbrukuma gadījumā no upes puses cietoksnis palika pilnībā neaizsargāts. Tilts pāri Daugavai, izņemot dažus pontonus, bija iznīcināts, bet to saturošie pāļi nocirsti. Hekelis plānoja 14 dienu laikā atjaunot priekštilta nocietinājumu un uzsākt tilta būvniecību. Taču, ņemot vērā izveidojušos situāciju, atjaunoto tiltu savā labā varēja izmantot franču karaspēks.
Uzzinot par maršala Makdonalda vadītā korpusa tuvošanos, Hekelis 15. jūlijā aizveda savu vienību Rēzeknes virzienā, lai aizsargātu tai laikā stratēģiski nozīmīgāko punktu - Ludzu, un atstāja Dinaburgu bez aizsardzības. Pilsētas apkaimē palika tikai neliela kavalēristu vienība majora Bedrjagas vadībā, lai sekotu ienaidnieka manevriem, iznīcinātu vēl esošos krājumus un koordinētu Krāslavā un Piedrujā izkliedēto krievu armijas vienību apvienošanos.
Maršals Makdonalds komandēja 10. kājnieku korpusu, kurā ietilpa divas kājnieku un viena kavalērijas divīzija. Kopā ņemot tā sastāvēja no 36 bataljoniem un 16 eskadroniem (26 000 kājnieki un 3 000 kavalēristi). Napoleons plānoja, ka korpuss ieņems Rīgu un virzīsies uz Pēterburgu, tāpēc daļa korpusa devās uz Rīgu, bet daļa - uz Dinaburgu. Ieņēmis Jēkabpili, Makdonalds vienu no saviem pulkiem pa Daugavas kreiso krastu nosūtīja uz Dinaburgu. Taču, ņemot vērā maršala Udino neveiksmi, mēģinot triecienuzbrukumā ieņemt priekštilta nocietinājumus, viņš nolēma doties uz pilsētu pa Daugavas labo krastu. Lielas karaspēka vienības centās pēc iespējas ātrāk ieņemt Dinaburgu. Tuvojoties tik lielam ienaidnieka karaspēka pārspēkam, 1812. gada 20. jūlijā krievu armija bija spiesta atstāt pilsētu.
20.jūlijā Makdonalda korpusa karavīri ģenerāļa Rikardo vadībā iegāja pilsētā. Franču karaspēka daļas, kuras atradās Daugavas kreisajā krastā, pārcēlās pāri upei ar laivām. Pilsēta tika ieņemta bez cīņas. Neskatoties uz to, ka, ieņemot pilsētu, netika izrādīta pat vismazākā pretestība, franči Dinaburgas ieņemšanu uzskatīja par nozīmīgu uzvaru. Viļņā iznākošā avīze "Lietuvas kurjers", kura pakļāvās stingrai franču cenzūrai, daudzkārt sumināja franču karaspēka "uzvaru", ieņemot Dinaburgu. Avīze rakstīja: "Dinaburgas cietoksnis - šis 20 000 cilvēku divu gadu darba rezultāts - padevās maršalam Makdonaldam, kurš ieņēma to pēc neilgas kaujas."
Ieņēmuši Dinaburgu, franči nekavējoties uzsāka jauna tilta būvi. 23. jūlijā pontonu tilts jau bija gatavs. Nākamajā dienā pilsētā ieradās maršals Makdonalds un uzturējās šeit vairākas nedēļas. Viņš pavēlēja nojaukt cietokšņa nocietinājumus. Armijas vienības nekavējoties uzsāka nepabeigto zemes uzbērumu norakšanu, neaizvesto kokmateriālu noliktavu, rezerves lafešu un citu instrumentu iznīcināšanu. Čuguna lielgabalus un lādiņus nogremdēja upē.
Trīs nedēļas uzturoties Dinaburgā, maršals Makdonalds no militārā viedokļa neveica neko nozīmīgu, pilsētas ieņemšana nenesa viņam nekādu labumu.
Pēc cietokšņa zemes nocietinājumu iznīcināšanas Makdonalds pārcēlās uz Kalkūni, kur iekārtoja savu štāba mītni. No šejienes viņš turpmākos 2 mēnešus komandēja savu korpusu, okupējot vairākus Latvijas rajonus. Pēc grāfa Vitgenšteina rīcībā esošās informācijas Makdonalda vadītās armijas daļas izvietojās rajonā starp Dinaburgu un Kreicburgu (Krustpili) un sastāvēja no 20 000 vīriem, bet Dinaburgā atradās apmēram 6 000 kavalēristu un kājnieku. Pēc cietokšņa nocietinājumu nojaukšanas franču garnizons Dinaburgā tika samazināts, palika tikai 3 - 4 kājnieku bataljoni un 3 prūšu melno huzāru eskadroni.
Pēc krievu garnizona aiziešanas no Dinaburgas majora Bedrjagas vadītā vienība palika pilsētas apkaimē un sekoja ienaidnieka manevriem. 30. jūlijā pulksten četros no rīta majora Bedrjagas vienība, kas sastāvēja no 110 karavīriem un 20 kazakiem, devās uz Dinaburgu, bet Višķu tuvumā uzdūrās prūšu huzāru eskadronam. Kaujā krita 50 franču karavīri, 56 - tika sagūstīti. Turklāt tika iegūti daudzi zirgi. Bedrjagas vienībā zaudējumu nebija.
Nedaudz vēlāk, uzzinājis, ka Dinaburgā atrodas mazskaitlīgs franču garnizons, majors Bedrjaga nolēma atbrīvot pilsētu. 1812. gada 9. augustā Bedrjaga rakstīja grāfam Vitgenšteinam: "Esmu nolēmis savākt no sava pulka vismaz divus eskadronus un ar dievpalīgu izdzīt ienaidnieku no Dinaburgas, atbrīvot no tiem Daugavas labo krastu un ieņemt teritoriju starp Krāslavu un Kreicburgu (Krustpili)." Taču viņa plāniem nebija lemts īstenoties. Ar cara pavēli 1812. gada 13. augustā viņš tika iecelts par ģenerālmajora Repņina adjutantu un atstāja Dinaburgu.
Pēc Napoleona ieceres Udino un Makdonaldam bija jāaplenc un jāiznīcina Vitgenšteina korpuss, bet šis plāns netika īstenots. Vēl jo vairāk, maršala Makdonalda 10. kājnieku korpuss, kurš bija izkliedēts teritorijā starp Mītavu (Jelgavu) un Dinaburgu, slīga bezdarbībā. Šī vecā, slavas vainagotā maršala, kurš savas ilgās militārās karjeras laikā gandrīz nepazina zaudējumus, bezdarbību var izskaidrot ar to, ka viņa korpusa sastāvs bija daudznacionāls (poļi, bavārieši, vestfālieši, prūši), un daļa karavīru naidīgi noskaņoti pret Napoleonu. Tāpēc maršals Makdonalds nevarēja pilnībā paļauties uz savu karaspēku.
Oktobrī Makdonalds pārcēla savu štāba mītni uz Staļģenes muižu, kas atradās 18 verstis no Mītavas (Jelgavas).
Kad franču karaspēks bija okupējis daļu no Latvijas teritorijas, Mītavā (Jelgavā) tika izveidots vietējās pārvaldes centrs. Baznīcās tika nolasīts 1812. gada 1. augusta rīkojums, ka sakarā ar "notikušo okupāciju" tiek likvidēta Kurzemes guberņas pārvalde un tās vietā izveidota Kurzemes, Zemgales un Piltenes novada apgabala pārvalde. Šajā apgabalā ietilpa arī Dinaburga. Apgabala pārvaldes priekšgalā tika iecelts grāfs Kārlis Medems, par prokuroru - Georgs fon Engelharts. Rīkojums tika izdots franču, vācu un latviešu valodā.
5 mēnešu laikā Kurzemes pārvalde izdeva 50 pavēles par naudas, lopu un citu materiālo vērtību iekasēšanu no vietējiem iedzīvotājiem.
Pāri okupēto Latvijas rajonu un, tai skaitā arī Dinaburgas iedzīvotāju galvām vēlās rekvizīciju vilnis. Jau vienā no pirmajām pavēlēm, draudot ar nenovēršamām eksekūcijām, tika uzdots piegādāt franču karavīriem noteiktu skaitu zirgu, ratu un zābaku. Tomēr vietējie iedzīvotāji nesteidzās izpildīt pavēles, un okupācijas pārvaldei nācās pielietot represijas.
"Neskatoties uz rīkojumu par nekavējošu ratu meistaru ierašanos, kuri nepieciešami armijai vajadzīgo ratu izgatavošanai," teikts 1812. gada 31. augusta apgabala pārvaldes rīkojumā, "minētie meistari līdz šim vēl nav ieradušies: 1.Visām Lejas un Augškurzemes pilsētām tiek pavēlēts ar visstingrāko atbildību nekavējoties arestēt visus ratniekus un to zeļļus, un nogādāt tos kopā ar instrumentiem uzticama konvoja pavadībā uz šejieni, uz Mītavas kara kontribūciju civilo komisiju, lai tie šeit nekavējoties uzsāktu darbu".
Pēc maršala Makdonalda rīkojuma apgabala pārvalde ar 1812. gada 4. septembra rīkojumu uzlika Kurzemes iedzīvotājiem kontribūciju 2 miljonu rubļu apmērā. 22. novembrī kontribūcijas parāds sastādīja 800 000 rubļus, un pārvalde uzsāka virkni pasākumu tā iekasēšanai. Decembra sākumā Kurzemes pārvalde izdeva jaunu rīkojumu par naudas nodokļa iekasēšanu, lai segtu nenomaksāto kontribūciju summu. Ar nodokli aplika visas privātā sektorā strādājošās personas, spirta brūžu īpašniekus, dzirnavniekus, dzīvokļu izīrētājus pilsētās.
Dinaburgas un Lauceses draudzēs ar nodokli aplika 17 112 zemniekus. Turklāt viņiem bija jāpiegādā maize, lazaretēm nepieciešamās mantas, 50 000 aitādas kažoku, 60 000 olektis auduma. Tas viss tika novērtēts par 15 000 000 rubļiem. Šajā summā ietilpa atņemto ratu un to aprīkojuma vērtība. Franču karaspēks katru dienu Dinaburgā konfiscēja no iedzīvotājiem 140 lopus un citu proviantu.
Franču okupācijas laikā Dinaburgas iedzīvotāji, glābjot savu mājas iedzīvi, noslēpa to Stropu mežā augstā kalnā. Vecie pilsētas iedzīvotāji atceras, ka vēl 20. gadsimta sākumā daži pilsētnieki raka šajā kalnā un meklēja noslēptās mantas.
1812. gada beigās franču armija, kura bija cerējusi uz vieglu uzvaru, atgriezās uz Krievijas rietumu robežām. Decembrī tika atstāta arī Dinaburga. 1812. decembrī Krievijas impērijas teritoriju pameta pēdējās franču karaspēka vienības, kopumā apmēram 30 000 vīru - tās bija Napoleona pusmiljonu lielās armijas paliekas. Atbildot uz Staņislava Potocka jautājumu Napoleonam, kurš 1812. gada decembrī steidzami atgriezās Parīzē, kā tas varēja notikt, franču imperators atbildēja: "No dižā līdz smieklīgajam ir tikai viens solis". Napoleons saprata, ka Krievijā piedzīvotā katastrofa pilnībā pārvilka svītru pāri viņa pasaules iekarošanas plāniem.

1812. gada 31. decembrī tika izdots cara Aleksandra I dekrēts, kurā tika norādīts, ka lielākā Kurzemes iedzīvotāju daļa okupācijas laikā nesadarbojās ar franču varas iestādēm, tāpēc vieniem tika izteikta monarha pateicība, bet otriem - visžēlīgi piedots viņu kolaboracionisms.
Napoleona armijas uzbrukums katastrofāli iedragāja okupēto Latvijas teritoriju ekonomiku. "Ja ienaidnieks ar labu nevar dabūt to, ko viņš pieprasa, viņš ņem to pats un sagrauj visu, ko vien var dabūt," tā pēc franču karaspēka aiziešanas rakstīja Kurzemes prokurors Georgs fon Engelharts. Pusgadu ilgušās okupācijas laikā franču armija pilnībā izputināja ieņemtos rajonus, manāmi saruka arī iedzīvotāju skaits. Saskaņā ar 1811. gada tautas skaitīšanas datiem Vitebskas guberņā, kurā ietilpa arī Dinaburga, bija 352 500 iedzīvotāju (Dinaburgā - 5073), bet 1816. gadā - tikai 315 500, tas ir, par 37 000 mazāk. Vitebskas guberņai karadarbības laikā tika nodarīti zaudējumi apmēram 18 miljonu rubļu vērtībā, daudzas nodedzinātās sādžas tā arī vairs netika atjaunotas. Manāmi saruka arī Dinaburgas iedzīvotāju skaits: 1825. gadā pilsētā dzīvoja nedaudz vairāk par pusi no pirmskara iedzīvotāju skaita (2885 cilvēku), un tikai 1833. gadā pilsētnieku skaits sasniedza 1812. gada līmeni.
Iedzīvotāju skaita straujā samazināšanās, darba zirgu rekvizīcija franču armijas vajadzībām - tas viss kļuva par iemeslu sējumu platību un ražas samazināšanās, kas rezultātā izraisīja badu.
1812. gada kara uzvaras kaldināšanā bija arī Dinaburgas cietokšņa aizstāvju ieguldījums. Karadarbība pierādīja, ka vieta Dinaburgas cietokšņa celtniecībai bija izraudzīta veiksmīgi. Cietoksnis varēja kalpot par atbalsta punktu un lielu karaspēka daļu koncentrācijas bāzi cīņai ar Krievijas galvaspilsētai uzbrūkošajām ienaidnieka vienībām. Karš pierādīja, ka Dinaburgas cietoksnis atrodas stratēģiski svarīgā vietā un pat nepabeigtā veidā var spēlēt nozīmīgu lomu karadarbībā. Tomēr armijas virspavēlniecības pieļautās kļūdas, organizējot cietokšņa aizstāvēšanu, nedeva iespēju Dinaburgas cietoksnim veikt savu galveno uzdevumu - aizšķērsot ceļu franču karaspēkam Pēterburgas virzienā.