Sākumā cietokšņa šaujampulvera noliktavās, bet vēlāk arī sakņu noliktavās un staļļos aiz ziemeļu puses vaļņiem nacisti ierīkoja krievu karagūstekņu nometni “Štālaga – 340”. Uz nometnes vārtiem bija plakāts ar nūjas attēlu un uzrakstu “Tas ir tavs kungs!”. Zem plakāta uz melna dēļa ik dienas tika uzrakstīts datums un nometnē esošo gūstekņu skaits.
Karagūstekņu dzīves apstākļi bija drausmīgi: telpas netika apkurinātas, sapuvušie jumti tecēja. Gūstekņus mērdēja badā, spīdzināja un par viņiem ņirgājās, nodarbināja nesamērīgi smagos darbos, masveidīgi nošāva. Nometnē plosījās epidēmijas. 1942.- 1943. gada ziemā, tīfa epidēmijas laikā, nometnē ik dienas nomira apmēram 900 cilvēku.

“Štālaga – 340” apsardzes sistēma bija labi pārdomāta, tāpēc izbēgt no nometnes bija gandrīz neiespējami. Aizbēgt varēja tikai atrodoties ārpus nometnes darbu laikā, dažiem tas arī izdevās. Lielākā daļa no tiem, kas izdzīvoja, par to varēja pateikties tādam pašam ieslodzītajam kā viņi paši - ķirurgam A. Gibradzem. Strādājot nometnes lazaretē, viņš centās atvieglot ievainoto ciešanas, kā arī aizturēja ziņas par mirušajiem, tādējādi vēl 3 - 4 dienas saņemot viņu pārtikas devas un piebarojot īpaši izvārgušos gūstekņus. Turpat, viņa “operāciju zālē”, notika slepenas sēdes, izstrādājot bēgšanas plānus.
Laikā no 1942. gada septembra līdz oktobrim koncentrācijas nometnē “Štālaga – 340” kā karagūsteknis tika turēts izcilais tatāru dzejnieks Musa Džalils.

Lai slēptu savu noziegumu pēdas, fašisti sadzina cietokšņa dievnama pagrabos vēl dzīvi palikušos nometnes gūstekņus un uzspridzināja tos, tādējādi iznīcinot gan cilvēkus, gan izcilu arhitektūras pieminekli.

Laikā no 1944. gada 26. novembra līdz 1. decembrim Daugavpilī darbojās fašistu noziegumu izmeklēšanas komisija, kas pētīja Poguļankas mežā un cietoksnī veiktās ļaundarības. Veicot nošauto līķu ekshumāciju, tika konstatēts, ka koncentrācijas nometnē nebija pat elementārāko dzīvības uzturēšanai nepieciešamo priekšnosacījumu, kas ir rupjš Hāgas (1907) un Ženēvas (1929) konvenciju par apiešanos ar karagūstekņiem pārkāpums.