Pēc Daugavpils atbrīvošanas no hitleriskās Vācijas okupācijas cietoksnī izvietojās Sarkanās Armijas daļas – 308. Latviešu strēlnieku divīzija. Šeit atradās dažādas darbnīcas, iestādes, kantori u.c.
1948.gadā Daugavpils cietoksnis pārgāja PSRS Aizsardzības ministrijas pārziņā un līdz 1994.gadam šeit darbojās Daugavpils Augstākā tehniskā aviācijas skola (sākumā tehniskā aviācijas skola). Līdz ar to visas iestādes, kas atradās cietokšņa teritorijā, tika pārvietotas un pilsētu.

Ar PSRS Aizsardzības ministrijas atļauju daudzas vēsturiskās ēkas cietoksnī tika nojauktas. Kaut gan cietokšņa ansamblis bija republikas nozīmes vēstures un arhitektūras piemineklis, šie postošie darbi netika saskaņoti ar LPSR Kultūras ministriju.

To vietā uzcēla dzīvojamās mājas kara skolas pasniedzējiem un viņu ģimenēm.

Priekštilta nocietinājumos tika ierīkotas militārās darbnīcas un noliktavas. 1961. gadā pieņēma lēmumu izveidot šeit labošanas darbu iestādi. Sakarā ar to daudzas būves tika pārveidotas un pielāgotas notiesāto izvietošanai un uzturēšanai. Grīvas cietums arī pašreiz ir slēgta tipa cietums sevišķi bīstamiem recidīvistiem ( ieslodzītie tiek turēti kamerās) un ir viens no lielākajiem šāda tipa cietumiem Latvijā.
1968.gadā Daugavpils cietoksnis tika iekļauts arhitektūras pieminekļu sarakstā, bet 1983.gadā tas kļūst par republikas nozīmes arhitektūras pieminekli (LPSR MK lēmums Nr.595). Arhitektūras pieminekļa ansambli veido galvenais cietoksnis (citadele) ar ampīra un klasicisma stila apbūvi un attīstītu aizsardzības sistēmu.
Padomju laikā jautājums par unikālā pieminekļa saglabāšanu un restaurāciju risinājās ļoti gausi finansiālu apsvērumu dēļ. 1973. gadā tika izveidota komisija, lai apsekotu cietokšņa tehnisko stāvokli. Komisija lūdza Kultūras ministriju izstrādāt projektēšanas darbu izmaksas, lai apzinātu remonta un restaurācijas darba apjomus. 1976. gadā Latvijas PSR Kultūras ministrijas Kultūras pieminekļu restaurācijas un projektēšanas kantorim tika uzdots veikt izpētes darbus cietoksnī. 1978. gadā kantoris sagatavoja vēsturisku pētījumu 3 sējumos, kas kalpoja par pamatu restaurācijas projekta izstrādei. Šos darbus finansēja Dabas un pieminekļu aizsardzības biedrība (3 000 rubļi). Biedrība finansēja arī 1985. gadā izstrādāto 4 cietokšņa būvju pie galvenajiem vārtiem uzmērījumu projektu (ap 7 000 rubļiem). 1988. gadā Daugavpils pilsētas izpildu komiteja iesniedza prasību PSRS Aizsardzības ministrijai par finansējumu (100 000 rubļi) cietokšņa restaurācijas darbiem. Prasība bija noraidīta.
1988.-1989.gados Jelgavas VZPI “Hidropolimērs” veica zinātniskus pētījumus, tos apkopoja un sastādīja tehnisko dokumentāciju, lai izstrādātu cietokšņa hidrotehnisko sistēmu rekonstrukcijas projektu. Šos darbus finansēja Daugavpils pilsētas izpildu komitejas kultūras nodaļa (20 000 rubļi).
1990.gadā Daugavpils cietoksnī strādāja Latvijas Valsts Meliorācijas projektēšanas institūta speciālisti. Viņi veica priekšdarbus cietokšņa vaļņa atjaunošanas projekta izstrādei. Tieši ar vaļņa atjaunošanu vajadzēja sākt cietokšņa restaurāciju, jo, veicot dažādus pārbūves darbus, daudzās vietās vaļņa grāvis tika aizbērts. Tas radīja purvainas vietas, kas paaugstināja gruntsūdeņu līmeni cietokšņa teritorijā. Rezultātā tika izstrādāts cietokšņa hidrotehniskās sistēmas rekonstrukcijas projekts, kas tā arī netika realizēts.