После освобождения Даугавпилса от гитлеровской оккупации в крепости разместились воинские части Советской Армии – 308-й Латышской стрелковой дивизии. Также здесь располагались всевозможные мастерские, конторы, учреждения и т.д.
С 1948 года Даугавпилсская крепость стала принадлежать Министерству обороны СССР, здесь до 1994 года размещалось Даугавпилсское высшее военное авиационно-инженерное училище (первоначально авиационно-техническое училище). Все находившиеся в крепости учреждения были переведены в город.

В крепости с разрешения Министерства обороны, в обход Министерства культуры, были снесены многие исторические здания, несмотря на то, что ансамбль крепости был историческим и архитектурным памятником республиканского значения.

На их месте были построены стандартные жилые дома для преподавательского состава училища и их семей.

В предмостных укреплениях расположились военные мастерские и склады. В 1961 году было принято решение о размещении здесь исправительно-трудового учреждения, для чего все имеющиеся здания и сооружения были переоборудованы для содержания осужденных. Гривская тюрьма и в настоящее время имеет статус закрытой тюрьмы (с камерным содержанием заключенных) для особо опасных преступников. Она является крупнейшей тюрьмой закрытого типа в Латвии.
В 1968 оду. Даугавпилсская крепость была утверждена памятником архитектуры, а в 1983 году – памятником градостроительства республиканского значения (решение Совета Министров Латвийской ССР № 595).
Как архитектурный памятник был отмечен практически весь ансамбль крепости и предмостных укреплений (система укреплений крепости, отдельные ее элементы: ворота, бойницы, оконные и дверные проемы и др.), а также внутренняя застройка крепости в стиле русского ампира и детали застройки.
В период советского времени вопросы сохранения, а тем более реставрации этого уникального памятника решались очень медленно из-за отсутствия надлежащего финансирования.
В 1973 году была создана комиссия по проверке состояния крепости, которая обратилась в Министерство культуры с просьбой составить проектно-сметную документацию для определения объема ремонтно-реставрационных работ.
В 1976 году в Проектную контору реставрации памятников культуры при Министерстве культуры Латвийской ССР была подана заявка на выполнение исследовательских работ по крепости, которая была выполнена в 1978 году. Было подготовлено историческое исследование в трех томах, являющееся основанием для создания проекта реставрации. Эти работы были оплачены обществом охраны природы и памятников (3000 руб.), которое также оплатило в 1985 году проектные разработки данной конторы по обмерам 4-х крепостных сооружений около Центрального входа (около 7000 руб.).
В 1988 году Даугавпилсский горисполком обратился в Министерство обороны СССР с просьбой выделить средства (100 тысяч рублей ежегодно) на реставрацию крепости, однако получил отрицательный ответ.
В 1988-1989 гг. Елгавский ВНИИ «Водполимер» в результате проведенных научно-исследовательских работ выдал документацию для составления проекта реконструкции гидротехнической системы крепости. Эти работы были оплачены отделом культуры Даугавпилсского горисполкома (20 тысяч рублей).
В 1990 году в Даугавпилсской крепости работали инженеры института проектирования «Латгипроводхоз» с целью разработки проекта восстановления крепостного рва. Именно с этого должна была начаться реставрация крепости, т.к. в результате разнообразных строительных работ ров во многих местах был засыпан, что вызвало появление многих заболоченных участков и повышение уровня грунтовых вод в крепости. Был разработан проект реконструкции гидротехнической системы крепости, к сожалению, не реализованный.
После восстановления независимости Латвийской Республики, к сожалению, проблемы сохранения и реставрации этого уникального памятника еще более обострились.