1940. gadā, sākoties padomju okupācijai, Daugavpils cietoksnī izvietojās Sarkanās Armijas vienības. Iepriekšējais garnizons tika izformēts, Latvijas armijas pulki atstāja cietoksni. Lielākā daļa no nacionālo bruņoto spēku militārpersonām represiju un 1941. gada 14. jūnija deportāciju rezultātā gāja bojā - tika iznīcinātas GULAGa nometnēs.
1941. gada 26. jūnijā Daugavpili ieņēma nacistu karaspēks. Fašistiskās Vācijas okupācija bija pati postošākā visā Daugavpils vēsturē. Tika iznīcināti 40% rūpniecības uzņēmumu, elektrostacija, ūdensvads, slimnīcas, skolas, dievnami, kā arī 75% pilsētas dzīvojamā fonda. Pilsētai tika nodarīti zaudējumi 900 miljonu rubļu apmērā.
Laikā no 1941. līdz 1944. gadam vācu okupanti Daugavpilī un tās apkārtnē noslepkavoja 165 000 cilvēku, tai skaitā 125 000 krievu armijas karagūstekņu, kuri bija izvietoti cietokšņa teritorijā speciāli šim mērķim izveidotajā koncentrācijas nometnē “Štālaga – 340”.