Когда началось строительство крепости, в Динабурге дислоцировался военный госпиталь на 300 мест. В 1820 году по проекту архитектора А.Штауберта в крепости начинается строительство госпиталя на 500 коек, которое было закончено в 1827 году. Первым главным врачом был Ефрем Адамович. При госпитале работала аптека. В 70-х годах XIX века ею руководил известный фармацевт Мельхиор Кубли, исследовавший минеральный источник Краславы.
В 1837 году госпиталь был расширен до 900 мест. Ему был присвоен 4-й класс, и он стал одним из наиболее значимых военно-медицинских учреждений России. Однако уже через четыре года госпиталь был переведен в разряд 3-го класса, в связи с уменьшением количества коек (до 600) и оказываемых медицинских услуг. Затем разряд госпиталя был еще раз понижен – до 2-го класса, а накануне 1-й мировой войны госпиталь был преобразован в военный лазарет.
С 1874 года при госпитале начали готовить сестер милосердия.
В 1882 году в Двинске (Даугавпилсе) было основано медицинское общество, и врачи госпиталя стали его активными членами. Заведующий глазным отделением С.Фиалковский являлся первым секретарем общества, а с 1883 по 1889 годы его председателем.
Во время 1-й мировой войны в госпитале находились на излечении служащие русской армии. Для немецких военнопленных было открыто специальное отделение. В конце войны госпиталь вместе со всей крепостью был опустошен.
В 1920-30-х годах в здании госпиталя находилась военная больница Латвийской армии, которая начала работать в очень сложных условиях. После создания санитарной службы армии положение улучшилось. В 1928 году в Даугавпилсской военной больнице были устроены современные физиотерапевтический и рентгенологический кабинеты, а в 1930 году модернизирована кухня и установлены новые стиральные машины. В 1931 году были открыты глазное отделение и отделение болезней уха-горла-носа. В 1934 году здесь также была установлена стационарная дезинфекционная камера. В 1935 году, как отделение военной больницы, в Межциемсе открылась детская колония для детей военнослужащих на 75 мест, а в 1939 году - детское инфекционное отделение в самой больнице. Для больных в одном из бастионов крепости был устроен сад для прогулок. Также к их услугам была большая читальня. В связи с 15-летием Даугавпилсской военной больницы в 1935 году отмечалось, что за эти годы в больнице прошли курс лечения 47 000 больных.

Начальники военной больницы:
1920 – 1921 годы – врач капитан Блуменфелдс
1921 – 1922 годы – врач полковник-лейтенант Эмилс Хуго Скадиньш
1922 – 1930 годы – врач полковник-лейтенант Янис Алкснис
1931 – 1940 годы – врач полковник-лейтенант Бруно Блосфелдс

В 1940 году здесь разместился госпиталь Красной Армии. С началом войны госпиталь был эвакуирован из Даугавпилса. Его здание германскими оккупационными войсками использовалось по прямому назначению.
Осенью 1944 года госпиталь Министерства обороны СССР возобновил свою работу.
Гарнизонный госпиталь на 100 коек имел 4 отделения (хирургическое, терапевтическое, кожно-венерологическое и инфекционное) и предназначался для лечения солдат и офицеров Даугавпилсского гарнизона, ветеранов армии и членов их семей.
После вывода военного училища с территории Даугавпилсской крепости госпиталь прекратил свою работу, врачи и медицинский персонал, а также оборудование были направлены в Ставрополь.