Daugavpils cietoksnis ir vienīgais īpašu pārbūvju neskarts 19.gs. 1.puses objekts Ziemeļ- un Austrumeiropā, kas saglabājies līdz mūsdienām bez ievērojamām izmaiņām ar unikālu fortifikācijas sistēmu. Cietokšņa ansamblis ir celts ampīra un klasicisma stilā, ar attīstītu aizsardzības sistēmu, kas atrodas Daugavas labajā krastā. Tajā ietilpst arī priekštilta nocietinājums, kas atrodas Daugavas kreisajā krastā, un kalpo tilta un pārceltuvju aizsardzībai, veidojot autonomu aizsardzības sistēmu.
Daugavpils cietoksnis ir unikāls arhitektūras un kultūras piemineklis, kas kļuvis par Daugavpils simbolu un atradis savu veidolu pilsētas ģerbonī.
No 1948. gada līdz 1993. gadam cietoksnī atradās padomju kara aviācijas inženieru augstskola. Pēc karaskolas aiziešanas cietokšņa teritorijā nenotika nekāda saimnieciskā darbība, kas savukārt veicināja ēku un būvju tehniskā stāvokļa pasliktināšanos. 1994. gada 21. jūnijā ar Latvijas Republikas Ministru kabineta rīkojumu Nr.294 “Par nekustamo īpašumu – Daugavpils cietoksnis” to pārņēma Daugavpils pilsētas pašvaldība. Cietoksnis atradās Finanšu ministrijas Valsts īpašuma departamenta pārraudzībā. Daugavpils pilsētas pašvaldībai bija uzdots saglabāt valsts īpašumā esošo nekustamo īpašumu (ēkas, būves, darbgaldus un citas stacionārās iekārtas, kā arī komunikācijas ar visām nepieciešamajām apkopes un ekspluatācijas iekārtām).
1993. gadā slēdz pamatskolu, kas cietoksnī darbojās no 1948. gada.
1994. gadā cietoksnī tika izvietots Daugavpils zonālais Valsts arhīvs.

Kopš 1998. gada cietoksnis nodots Valsts nekustamā īpašuma aģentūras pārvaldīšanā. Lai nepieļautu vaļņa tālāku sabrukšanu, ēku un būvju bojāšanos, no 1999. gada tika labiekārtota un uzkopta teritorija, izcirsti koki.
2004. gadā tiek izdots Ministra kabineta rīkojums Nr.548 “Daugavpils cietokšņa saglabāšanas un turpmākās izmantošanas koncepcija”. 2005. gadā izstrādāts Dinaburgas cietokšņa makets.
Kopš 2006. gada Daugavpils pilsētas svētku ietvaros cietoksnī notiek dažādi pasākumi.
Daugavpils cietoksnis pamazām kļūst par populāru tūrisma objektu. Pēdējos gados sakārtota cietokšņa infrastruktūra (projekts “Daugavpils cietokšņa infrastruktūras – ielu kompleksais labiekārtojums un inženiertīklu renovācija”, Nikolaja vārtu un ielas rekonstrukcija), restaurēts ūdenstornis (tagad atrodas cietokšņa tūrisma un informācijas centrs).

Restaurētajā komandanta mājā izvietota Valsts policijas Latgales reģionālā pārvalde un Daugavpils iecirknis, kā arī reģionālās pārvaldes īslaicīgās aizturēšanas izolators.

2013. gada 24. aprīlī atklāja Daugavpils Marka Rotko mākslas centru (Artilērijas arsenāla ēka) – daudzfunkcionālu laikmetīgās mākslas, kultūras un izglītības centru.

2015. gada aprīlī atklāja atjaunoto 1. krasta luneti ar sarga būdu un aizsargvārtiem.

2017. gada 14. novembrī Daugavpils cietokšņa Komandanta dārzā svinīgi tika atklāts atjaunotais 10. Aizputes kājnieku pulka un 1. Latvijas strēlnieku bataljona kritušajiem karavīriem veltītais piemineklis.

Šobrīd cietoksnis veido atsevišķu Daugavpils mikrorajonu, kur deklarējušies vairāk nekā 1000 iedzīvotāju, ar 10 ielām, iekšējiem pagalmiņiem, parku, skvēru un parādes laukumu. Cietokšņa teritorijā ir 69 ēkas, kuras atrodas Valsts nekustamā īpašuma aģentūras, pašvaldības un privātpersonu pārvaldīšanā.